La principale réserve à l'avis favorable, tant pour l'aéroport que pour sa desserte routière, est la mise en place d'un "collège d'expert indépendant" qui devra valider les propositions de compensation environnementale que le concessionnaire de l'aéroport, le groupe Vinci, a faites.
Cette réserve n'empêchera pas la publication "d'ici Noël" 2012, selon le préfet de Loire-Atlantique Christian de Lavernée, des arrêtés d'autorisation de début des travaux dans le cadre de la loi sur l'eau, mais les arrêtés stipuleront que les validations scientifiques devront précéder "la réalisation de travaux de terrassements généraux (...) qui créeront un dommage irréversible à l'ensemble du site".
Le préfet estime que l'avis du collège scientifique sur les compensations environnementales ne sera pas rendu avant l'automne 2013.
Néanmoins, la construction d'un échangeur routier qui devait démarrer début 2013 n'a pas été incluse dans le périmètre de cette enquête publique car il n'est pas conditionné par l'aéroport et ses travaux ne sont donc pas retardés, a précisé la préfecture.
Les travaux prévus par Vinci pour 2013 (pour une ouverture de l'aéroport en 2017) prévoyaient un diagnostic archéologique et un diagnostic écologique et ne seront donc pas retardés.
Le futur aéroport étant situé en zone humide, la question des compensations environnementales fait l'objet de vives critiques des opposants à l'aéroport, qui estiment que les compensations proposées par le concessionnaire Vinci sont insuffisantes.
Ils estiment que, seules, des compensations quantitatives - deux hectares compensés contre un de perdu - sont valables, alors que Vinci propose une compensation par fonctions écologiques.
Selon le Schéma d'aménagement de la gestion de l'eau (SAGE) Loire Estuaire, qui entre en application dans le cas de l'aéroport et sur le texte duquel s'appuient les enquêteurs publics, "dans le cas où le maître d'ouvrage doit compenser un aménagement portant sur un écosystème très important en surface et constitué principalement de zones humides, il peut proposer une démarche de compensation (...) privilégiant la recréation ou la restauration de fonctions écologiques majeures de cet écosystème".
"Le dimensionnement des mesures devra permettre la recréation ou la restauration de fonctions écologiques supérieures sur le plan fonctionnel et de la biodiversité à celles perdues. A défaut, l'objectif de compensation basé sur le doublement des surfaces détruites s'applique", ajoute le texte.
Les fonctions écologiques auxquelles il est fait référence peuvent être la dépollution, la régulation du débit de l'eau, la biodiversité, etc., et sont "côtées" en termes "d'unités de compensations écologiques". D'où la nécessité, selon la préfecture, d'un collège scientifique pour évaluer les cotations proposées par l'opérateur du projet.
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